Письмо ФНС России от 16 ноября 2016г. N СД-4-3/21730@
ИНН и КПП продавца указываются покупателем в Обособленные подразделения организаций не являются налогоплательщиками НДС. Поэтому при реализации организацией товаров через свое обособленное подразделение счета-фактуры по отгруженным товарам могут выписываться обособленными подразделениями только от имени самой организации.
При заполнении счетов-фактур по товарам, реализованным организацией через обособленное подразделение, в строке 2б «ИНН/КПП продавца» указывается КПП соответствующего обособленного подразделения, а в строке 3 «Грузоотправитель и его адрес» — наименование и почтовый адрес данного подразделения.
Следовательно, при заполнении организацией-покупателем книги покупок необходимо проставлять КПП, указанный в строке 2б «ИНН/КПП продавца» выставленных счетов-фактур.