Комментарии ФНС трактованы верно. Нужно сдать только корректировку 2—НДФЛ. Суммы возвращённого НДФЛ отражаются в расчёте 6—НДФЛ за период, в котором фактически происходит возврат по строке 090 разд.1 (п.3.3 Порядка заполнения расчёта 6—НДФЛ; Письмо ФНС от 17.07.2017 N БС—4—11/13832@, Письмо ФНС от 26.10.2016 N БС—4—11/20366@).
Если ранее вы сдали справку 2—НДФЛ за период, когда налог был излишне удержан, то нужно подать корректирующую справку 2—НДФЛ за этот же период (разд. I Порядка заполнения справки 2—НДФЛ, Письмо ФНС от 26.10.2016 N БС—4—11/20366@).