Письмо ФНС России от 05 октября 2016г. N БС-4-11/18870@
Если организация встала на учет в ИФНС по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения (ОП), суммы НДФЛ, исчисленного и удержанного с доходов работников таких ОП, должны перечисляться в бюджет по месту учета каждого такого ОП. 6-НДФЛ, заполненный по каждому ОП, представляется по месту учета каждого подразделения.
Если организация имеет несколько ОП в г. Москве на территориях разных ИФНС, но стоит на учете по месту нахождения одного из них (с присвоением КПП только этому ОП), то НДФЛ с доходов работников всех ОП г. Москвы может быть перечислен в бюджет по месту учета этого ОП. Расчет 6-НДФЛ заполняется работодателем в отношении работников всех ОП, находящихся в г. Москве, с указанием КПП ответственного ОП и представляется в ИФНС по месту учета ответственного ОП.