Письмо Минфина России от 09.07.2018 № 03-07-11 47590
Если налогоплательщик осуществляет облагаемые и не облагаемые НДС операции, он должен вести раздельный учет входного НДС в порядке, предусмотренном п. 4 ст. 170 НК РФ. В частности, по «общехозяйственному» НДС налог распределяется в пропорции, которая рассчитывается по итогам квартала, исходя из стоимости отгруженных товаров (работ, услуг) (п. 4.1 ст. 170 НК РФ).
Минфин РФ разъяснил, что при определении такой пропорции изменение стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг) учитывается налогоплательщиком за тот налоговый период, на который приходится день отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг). Иными словами, если, например, у продавца возникла обязанность по выставлению корректировочных счетов-фактур, поскольку стоимость «отгрузок» изменилась, то и пропорцию за кварталы измененных «отгрузок» необходимо пересчитать с учетом новой стоимости.