По вопросу оформления счетов-фактур организацией, имеющей филиалы, разъяснено следующее. В строке 2б "ИНН/КПП продавца" указываются данные налогоплательщика-продавца.
Если услуги реализуются головной организацией, имеющей обособленные подразделения, то счета-фактуры выписываются головной организацией.