Письмо ФНС России от 15 мая 2014 г. N СА-4-14/9323
Организации, в состав которых входят расположенные в РФ обособленные подразделения, подлежат постановке на учёт в налоговых органах по месту нахождения каждого подразделения.
Определение обособленного подразделения дано в статье 11 НК РФ. Организация – налоговый агент, имеющая обособленные подразделения, обязана перечислять исчисленный и удержанный НДФЛ в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого обособленного подразделения.
Сумма налога, подлежащая уплате по месту нахождения подразделения, определяется исходя из суммы дохода, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
Если работник организации, направленный в командировку в обособленное подразделение организации, не является работником такого обособленного подразделения, то сумма НДФЛ, удержанная с суммы выплачиваемого ему дохода, перечисляется в бюджет по месту нахождения организации.