Да, можно. Согласно п. 2 ст. 169 НК РФ, нельзя отказать в вычете по счету-фактуре, в котором неверно указаны реквизиты платежных документов (Письмо Минфина России от 26.11.2015 № 03-07-14/68657, Постановление ФАС Московского округа от 20.10.2011 № А40-17619/11-129-90).
Какова на практике вероятность налогового спора из-за того, что реквизитов платежного поручения в счете-фактуре не будет?
Это зависит от профессионализма конкретного инспектора и конкретных обстоятельств. Согласно официальной позиции, выраженной в письме Минфина, в этом случае цепляться к налогоплательщику не нужно. Правда, сам факт судебного решения свидетельствует о том, что на практике налоговики могут и придраться. Но вряд ли инспекторы теперь будут доводить дело до суда, когда налогоплательщик твердо напомнит им о позиции руководства.